马克思主义学院是学校直属的独立建制思想政治理论课教学部门和马克思主义理论研究机构。学院坚持“马院姓马、在马言马”的鲜明导向和办学原则，认真贯彻落实习近平总书记在全国学校思政课教师座谈会上的重要讲话精神，全面落实关于加强马克思主义学院和思政课建设的政策措施，抢抓机遇，改革创新，推动马克思主义学院在思政课教育教学、师资队伍建设、学科建设、人才培养和社会服务等方面取得显著成绩。

学院设有毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论教研室、思想道德和法治教研室、形势与政策教研室、心理健康与职业指导教研室4个教研室。成立了“航海思政研究中心”“课程思政研究中心”“航海心理研究中心”3个研究机构，学校社科联挂靠马克思主义学院。

学院师资力量雄厚，现有专任教师37人，其中教授3名，副教授8名，博士5名；2人获南通市教学名师，3人获南通市“226”高层次人才，1人获江苏省青年岗位能手，2人获江苏省高校“青蓝工程”优秀青年骨干教师，5人获江苏交通运输厅厅属院校优秀思政课教师。多人荣获江苏省职业院校教学能力大赛高职思政组一等奖第一名、江苏省高校微课教学比赛二等奖、江苏省高校教学设计二等奖、全国交通院校教学比赛二等奖等荣誉。